Keberadaan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) IAIN Palangka Raya berawal dari dibukanya Program Studi Ekonomi Syariah pada tahun 2006. Program Studi ini berada di Jurusan Syariah sebelum adanya alih status dari STAIN ke IAIN. Dengan adanya perkembangan disiplin ilmu pengetahuan dan juga tuntutan dari masyarakat, maka dibukalah jurusan baru yaitu Ekonomi Syariah sebagai satu-satunya jurusan Ekonomi Islam di Kalimantan Tengah.
Pada tahun 2014 telah keluar Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 144 Tahun 2014 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Palangka Raya menjadi IAIN Palangka Raya. Adanya perubahan status tersebut secara otomatis juga terdapat perubahan kebijakan dari jurusan menjadi fakultas termasuk dalam hal ini Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI).
Pendirian Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) IAIN Palangka Raya berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2015 tentang Or anisasi dan Tata Kerja IAIN Palangka Ray. Pada hari Kamis tanggal 12 Februari 2015 telah memiliki Program Studi Ekonomi Syariah dan Perbankan Syariah.
Pada tahun 2016 telah terjadi restrukturisasi Prodi Zakat Wakaf yang semula berada di bawah Fakultas Syariah kemudian menjadi Program studi Manajemen Zakat dan Wakaf setelah berada di bawah naungan FEBI. Pada tahun 2017 dibuka prodi baru yaitu Akuntansi Syariah. Secara keseluruhan FEBI telah memiliki 4 Program Studi yang semuanya terakredetasi B atau Sangat Baik.
